平成27年10月28日、国税庁より扶養控除等異動申告書への個人番号記載に関して大きな変更が発表されました。
平成28年の扶養控除等異動申告書には、法令上、個人番号の記載が義務付けられています。
ただし、扶養控除等異動申告書に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」と記載し、給与支払者は、既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示すればよいとされました。
その場合には、社員番号等で検索できるようにしておけば、扶養控除等異動申告書と別保管することも可能です。
また、ICT等のシステムを利用して個人番号（マイナンバー）を収集して、システム上で保管することも可能になります。
扶養控除等異動申告書に個人番号を記載しないことで、年末調整の担当者を必ずしもマイナンバーの事務取扱担当者としないこともできます。
その場合は、扶養親族の個人番号の収集漏れがないよう、扶養控除等異動申告書と照合する必要があります。
また、扶養控除等異動申告書に従業員や扶養親族の氏名・住所・生年月日等をプレ印字したものを従業員に渡し、従業員がその申告書を使って提出すれば、身元確認ができ、免許証等の他の書類の提示（提出）は不要とされました。
更新内容でマイナンバーの事務に大きく影響がありそうな更新部分は以下のとおりです。

国税庁HP「社会保障・税番号制度＜マイナンバー＞FAQ（平成27年10月28日現在）」

https://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQindex.htm